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东蒙古的成吉思汗后裔们并未立即从卫拉特人（即西蒙古人）势力的跌落中获利。当时，他们正在消耗力量的家族战争中互相残杀。成吉思汗的第27代继承人满都古勒大汗在讨伐他的侄孙和继承人博勒呼济农的一次战争中去世（1467年）。博勒呼济农在他能够称汗之前也被暗杀（1470年）。一度人丁兴旺的忽必烈家族中，现在仅剩下一个5岁的男孩、博勒呼济农之子达延，“他被所有的人遗弃，甚至他的母亲也遗弃了他，改嫁了。”满都古勒的年轻遗孀满都海赛音可敦把他置于自己的保护之下，并宣布他为汗。后来，满都海赛音可教统率忠实的蒙古人打败了卫拉特人。1481年她与年轻的达延汗结婚。这位英勇的女人（她的举止使人想起成吉思汗的母亲月伦额格）于1491至1492年“又被描述为一支军队的首领，这支军队击退了卫拉特人的进攻”。传说中把打垮卫拉特人优势和恢复东蒙古人霸权的荣誉给予了她。
如果在东蒙古部落重新组合时，只是按传统划分成向东的左翼和向西的右翼的话（整个阵势是朝南），那么，达延汗的长期统治（1470－1543年，经历了他未来的妻子摄政皇后的有力治理和后来他自己的积极统治）标志着成吉思汗国统治的复兴。左翼由可汗直接统率，右翼由可汗从他的兄弟，或儿子中选出来的一位济农统率。左翼由察哈尔人（君主所在的一支）、喀尔喀人和兀良哈人组成，右翼包括鄂尔多斯部、土默特部和永谢布部，也叫喀喇沁部。达延在整编各部的过程中，并非没有使用暴力。一些右翼土默特人（即西部的土默特）杀了达延汗的一个儿子，达延派他到该部作酋长。“结果，两翼蒙古人之间展开了激战。最初达延被打败，后来由于科尔沁部的支持取得了胜利。科尔沁部来自嫩江流域，他们服从成吉思汗弟弟哈撒儿的后裔。达延汗追击反叛者直至青海，在此他接受了反叛者的投降。后来，他把他的第三个儿子巴尔斯博罗特（1512年）派给他们，成为他们的济农。”达延汗还平息了兀良哈人的一次叛乱，他将该部解散归并入其他五部。后来，从1497年到1505年间，他对从辽东到甘肃的中国边境地区进行了一系列卓有成效的攻击。
1543年达延汗去世之后，其子孙们瓜分了这些部落。察哈尔各部落归长支之首博迪汗，他是达延的孙子并成了大汗。博迪汗驻在张家口和多伦诺尔，该地至今仍是察哈尔人领地的中心。从1544年到1634年蒙古最高汗国一直是属于察哈尔王室的，历经博迪汗（1544－1548年）、库登汗（1548－1557年）、图们札萨克图汗（1557－1593年）、彻辰汗（1593－1604年）和林丹汗（1604－1634年），林丹汗是被满洲皇帝们废黜的。达延汗的第三子巴尔斯博罗特，以及巴尔斯博罗特之子衮必里克墨尔根（死于1550年）统率鄂尔多斯部，在黄河河套扎营（大约1528，1530年）。衮必里克墨尔根之弟阿勒坦汗（《明史》作俺答）是达延汗孙子中最杰出者，他统领土默特部，驻于河套东北部，中心在呼和浩特（或称归化城）。最后，达延许的幼子相呼森札斡惕赤斤获得对喀尔喀各部的统治权，据考朗特记述，当时喀尔喀各部一定是集中在合勒卡河、贝尔湖和克鲁伦河下游一带。喀尔喀人赶走了在他们之前的卫拉特人（或卡尔梅克人）后，从这些地区一直向西发展到乌布萨泊。
在土默特部首领阿勒坦汗的亲自率领下，以及在鄂尔多斯王公、阿勒坦的侄孙库图克图彻辰洪台吉的援助下，达延汗王朝中团结一致的蒙古人取得了把卫拉特人赶回科布多地区的各次征服的胜利。卫拉特人在几次遭遇战中被打败之后，于1552年失去了哈拉和林，该地是蒙古帝国君权所在地，即是蒙古帝国的象征。他们中的两部，土尔扈特部与和硕特部被达延汗朝军击溃之后一直被赶到乌伦古河和黑额尔齐斯河一带，他们开始了向西迁移。
阿勒坦汗的统治年代是从1543至1583年，但是，甚至在其祖父达延汗统治期间，他已在战场上闻名，特别是在对明朝的战争中，1529年他掠夺了山西北部的大同地区，1530年先后蹂躏了甘肃宁夏地区和北京西北部的宣化。1542年他杀明将张世忠，据说俘虏了20万人和200万头牲畜。从此，他几乎每年都经大同或宣化寇掠中国边境，他正在恢复原成吉思汗的传统。1550年，他向北京的大门挺进，放火烧了城郊。在返回之前，他蹂躏了保定地区。不过，这位精明能干的成吉思汗后裔除了战争外，还考虑到其他事情。他于1550年和1574年两次要求中国应该在边境上建立市场，以利蒙古人的牲畜与中国货物之间的交换。在他的各次远征中都得到他的侄孙、鄂尔多斯王公库图克图彻辰洪台吉的积极支持，库图克图彻辰洪台吉生于1540年，死于1586年，他几次蹂躏了宁夏与榆林之间的中国边境。库图克图彻辰的曾孙子、蒙古史家萨囊彻辰对他的各次战役部有记载。 |