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噶尔丹策零去世后，紧接着是准噶尔国内的动乱时期。噶尔丹策零之子策妄多尔济·那木扎尔（约1745－1750年在位），是一个放荡而残忍的年轻人，他被贵族们弄瞎了眼关在阿克苏。众人不服新汗喇嘛达尔札（1750-1753年在位）的统治。已经臣服于绰罗斯部洪台吉一个世纪之久的杜尔伯特部、和硕特部和辉特部威胁要摆脱绰罗斯部而独立。统一丧失了，准噶尔国也随之而消失。最后在1753年，一位名叫达瓦齐的能干首领、即策凌敦多卜的孙子，在辉特部王、噶尔丹策零的女婿阿睦尔撒纳的支持下，进军固尔扎，处死了达尔札。达瓦齐被拥立为汗（1753－1755年在位）后，现在不得不与他昔日的盟友阿睦尔撒纳展开了争夺，阿睦尔撒纳住在伊犁河畔，表现得俨然像一位独立的王公。达瓦齐打败并驱逐了他。
阿睦尔撒纳与辉特部、杜尔伯特部与和硕特部的许多首领一起逃到清朝境内避难（1754年），在那里，他为乾隆皇帝效劳。乾隆在热河隆重地接见了他，把他置于自己的保护之下，并于1755年春，由满族将军班第率清军护送他返回准噶尔。班第兵不血刃地进入固尔扎。达瓦齐逃走，但其后不久在阿克苏被发现，并被交给班第，班第把他送到北京，他受到乾隆皇帝的优待，1759年他在北京善终。
与此同时，清将班第现在作为抚远大将军驻守固尔扎，他立即宣布准噶尔人政治上解体，并且给绰罗斯部、杜尔伯特部、和硕特部和辉特部各部都提了一位汗王的名，阿睦尔撒纳原希望至少可以获得达瓦齐遗产的一部分，现在非常失望。班第为控制他的愤怒，强迫他前往北京。然而，阿睦尔撒纳在途中逃跑，返回固尔扎，煽动准噶尔人反对清统治。班第已轻率地缩减了他的军事力量，现发现自己已被敌人包围，因毫无被营救的希望而自杀（1755年夏末秋初）。
一位名叫兆惠的能干的满族将军挽救了这一形势。1756年冬天，他被围在乌鲁木齐，他一直坚持到从巴里坤来的援军的到来。1757年春，他深入塔里巴哈台的叶密立河畔，而另一些清军被派去收复固尔扎。阿睦尔撒纳四面受敌，逃到西伯利亚俄国人那里避难（1757年夏季）。
到此，准噶尔人的独立结束了。广言之，准噶尔地区，即科布多地区、塔尔巴哈台、伊犁流域或称固尔扎省直接并入中国帝国。甚至该地区居民成份也发生了变化。准噶尔人民，主要是绰罗斯部民和辉特部民（杜尔伯特部遭受的磨难较轻）几乎全部被根除。清朝以来自各地的移民充实其地，其中有吉尔吉斯-哈萨克人，来自喀什噶尔的塔兰奇人，或穆斯林，来自甘肃的东干人（或回民），察哈尔和喀尔喀居民，图瓦族的兀良哈人（或称索约特人），甚至有来自满洲的锡伯族和高丽族移民。1771年，另一批移民即土尔扈特人来到，土尔扈特在其汗渥巴锡率领下，离开伏尔加河下游，又返回故地伊犁流域。乾隆皇帝在北京接见了渥巴锡，并给予最隆重的欢迎，并为他疲惫不堪的人民提供粮食，同年，把他们安置在固尔扎东部和南部，在裕勒都斯河谷和乌伦古河上游河谷，在那里，他们有利于填补因他们的兄弟部落绰罗斯部和辉特部被消灭而造成的空地。 |