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帖木儿一旦确保他在河中的王位，又被激发去进行对原东察合台汗国（伊犁和裕勒都斯地区）的战争。
该地区新近爆发了革命。我们已经看到了蒙古杜格拉特家族在那里所取得的统治地位，该家族几乎完全控制了喀什噶尔，以阿克苏为中心，除此而外，该家族在伊犁河流域的察合台特别地带内还有大庄园，伊犁河流域是察合台诸汗的司令部。在经历了几年的混乱之后，杜格拉特部的异密播鲁只还于1347年主动把察合台汗秃忽鲁帖木儿重新扶上伊犁的王位。播鲁只死于秃忽鲁帖木儿统治期间（1347－1363年），他死后兀鲁思别吉一职（相当于宫廷侍长）给了他年幼的儿子忽歹达。播鲁只的弟弟、异密哈马儿丁垂涎这一职位，徒劳地向秃忽鲁帖木儿提出过抗议，在秃忽鲁帖木儿死后，他杀死已故可汗的儿子也里牙思火者，为自己报了仇。也里牙思火者是被胜利的帖木儿驱赶（约1365－1366年），才从河中返回伊犁的。哈马儿丁推翻了察合台王朝，自僭汗号，从1366年到1392年间统治着蒙兀儿斯坦（即统治着怛逻斯河流域、伊塞克湖、伊犁河、裕勒都斯河和玛纳斯河流域，还有可能统治着阿尔蒂沙尔，或称喀什噶尔的较大部分地区）。也里牙思火者的弟弟黑的儿火者由于忽歹达的帮助，逃脱了哈马儿丁的报复，忽歹达帮助他从喀什逃到帕米尔，这位年轻人躲在帕米尔，直到出头之日。
帖木儿发动的一系列远征就是对付哈马儿丁的，这些远征远不如对波斯、德里和安卡拉的远征着名，但是，也许更加值得关注，因为它们是发生在更加艰难的地区，对付的是难以捉摸的敌人。这些远征是防御性的，是打算保护河中免受游牧民的周期性入侵。帖木儿的军官们前往伊塞克湖北的阿拉木图（后来名为韦尔内）方向进行侦察，他们与敌人签订了和约（或者说协定）之后返回，帖木儿拒绝接受和约。他离开塔什干，从赛拉木（塔什干以北）向《拉失德史》中称为坦基河的地方进军，埃尼亚斯和丹尼森·罗斯认为是养吉城，即恒逻斯，又名奥李－阿塔。他在此赶走了游牧民，获得大量战利品。
1375年，帖木儿进行了第三次战争。他离开赛拉木，穿过在楚河河源边的怛逻斯和托克玛克地区。哈马儿丁使用游牧民的惯伎，在他来到之前就撤退到根据《武功记》名叫比耳哈·古里安或阿沙尔·阿塔的地方，埃尼亚斯和丹尼森·罗斯认为是伊犁河上游附近、阿拉套北部一个山嘴边的奥塔尔。无论如何，该地址似乎应在伊塞克湖西北山脉中去寻找。帖木儿的长子只罕杰儿在此对敌人发起突然袭击，敌人朝伊犁河方向溃逃。帖木儿蹂躏了构成原东察合台腹地的伊犁河流域的部分地区，后来，他似乎继续进入纳伦河上游河谷，在此，《武功记》描述了他在喀什西北的阿尔帕和雅吉河畔的活动。他俘获哈马儿丁之女迪勒沙·阿哈公主，并纳为妾。他取道费尔干纳的乌兹根［讹迹邗］和忽毡回到撒麻耳干。
然而，哈马儿丁并没有被打败。帖木儿军返回河中时，他进攻属于帖木儿的费尔干纳省，洗劫了安集延城。帖木儿被激怒，匆忙赶到费尔干纳，把他赶出讹迹邗和亚色山区，一直追赶到纳伦河上游的南部支流阿特巴希河河谷地。
帕木儿在进入天山的这一地区时，落入了埋伏，哈马儿丁正在此等侯。只是由于他的勇气，以及“他的长矛、战棍、剑和套索”，他才得以逃脱，后来又返回来再次把他的敌人赶跑。以后他又回到撒麻耳干，其子只罕杰儿刚在此城去世（1375年或1376年）。
在此后的两年中（1376－1377年），帕木儿领导了反哈马儿丁的第五次远征。他在伊塞克湖以西的峡谷中与哈马儿丁交战，追击他到伊塞克湖西的科奇卡里。《武功记》甚至提到了1383年帖木儿派往伊塞克湖反哈马儿丁的第六次远征军，但是，哈马儿丁仍然没有被捉住。
1389－1390年，帖木儿作出了决定性的努力，要摆脱蒙兀儿斯坦的游牧民。1389年他的军队在巴尔喀什湖《武功记》是Atrek－Kul）以南和以东的伊犁河和叶密立河地区和阿拉湖周围来回往返，这些地区当时是蒙兀儿斯坦的中心地，以后成了俄国的谢米列契耶省和中国的塔尔巴哈台保护区。帖木儿扮演了君主和征服者的角色，他派轻骑兵迅速越过具有历史意义的这些草原，察合台汗和窝阔台汗曾在这些草原上，在今固尔扎和楚固恰克地区建立过游牧宫廷。与此同时，他的先头部队随蒙古人一直到了阿尔泰山以南的黑也儿的石河。接着他的军队从巴尔喀什湖盆地出发，分兵数路，分别越过天山，到博斯腾湖盆地。最后集中地是裕勒都斯河流域，帖木儿是经空格斯河谷到达裕勒都斯的。按《武功记》的记载，帖木儿的先头部队向东已经挺进到哈刺火州，或者说，几乎抵吐鲁番。
在上述地区与帖木儿作战的蒙古首领中，《武功记》提到了察合台家族继承人黑的儿火者，他暂时被篡位的哈马儿丁赶下王位。从《拉失德史》中我们知道，黑的儿火者逃到东突厥斯坦的最东边（先逃到于阗，后到罗布泊地区），他力求在那里建立一个新的王国，同时，他强迫吐鲁番境内的最后一批回鹘人皈依了伊斯兰教。尽管帖木儿的主要敌人哈马儿丁也是黑的儿火者的敌人，但是，帖木儿毫不犹豫地进攻黑的儿火者，显然是害怕察合台家族会在畏兀儿地区重新征集新军。黑的儿火者被打败后逃往戈壁。帖木儿获胜后在察力失，即今天的焉耆，召开了一次军事会议，在士兵中瓜分了从游牧民中夺到的战利品。《武功记》给人造成了这种印象，即他在中亚腹地建立统治之后，就摆出了成吉思汗继承者的样子。然而，事实上，就在明朝推翻了蒙古人在中国的统治之时，他摧毁了蒙古人在东突厥斯坦的统治。
帖木儿在返回撒麻耳干前，派他的儿子乌马儿·沙黑先行，经乌什·吐鲁番和喀什之道，从裕勒都斯返回。我们不知道他本人率主军是否也走这条路，或者是否是经伊犁河，楚河和怛逻斯河之路返回。
尽管帖木儿对戈壁的中心地也进行了洗劫，但是，这次他的主要敌人哈马儿丁汗仍未被打败。帖木儿的军队几乎是一返回河中，哈马儿丁就又在伊犁河流域恢复了他的政权。因此，帖木儿于1390年又派一支军队攻他。这些军队从塔什干出发，经伊塞克湖，在阿力麻里渡过伊犁河，向哈拉塔尔以北进军，尾随哈马儿丁来到黑也儿的石河，哈马儿丁在此又溜掉了。哈马儿丁消失在阿尔泰山中，“进入了黑貂与银鼠出没之地”，不再有他的消息。帖木儿军在阿尔泰山的松树上烙上帖木儿的名字，以志胜利，然后沿阿特里克湖，即巴尔喀什湖，返回河中。
篡位者哈马儿丁的消失使察合台后裔黑的儿火者恢复了在蒙兀儿斯坦的王位。杜格拉特部的新首领异密忽歹达是哈马儿丁的侄子，他一直是拥护正统王权的，他是第一个召回黑的儿火者的人，并支持和保证了他的复位。新汗是一位虔诚的穆斯林。我们已经谈到，在征服了吐鲁番之后，他迫使该地的最后一批回鹘人皈依伊斯兰教。这一信仰使他与帖木儿接近起来，两者之间最终缔结了和约。结果，约1397年前后，黑的儿火者把女儿嫁给了帖木儿，帖木儿极看重这一联姻，因为它使他进入了成吉思汗大家族中。
黑的儿火者死于1399年。《拉失德史》记载，他在伊犁地区的王位由他的三个儿子继承，他们是：沙迷查干（约1399－1408年在位），纳黑失只罕和马黑麻（约死于1428年），《拉失德史》曾赞誉马黑麻对伊斯兰教的虔诚。三兄弟都是处在杜格拉特异密忽歹达的监护之下。帖木儿迫不及待地要利用因其岳父之死而带来的、进行新远征的机会，这次远征如果没有到达伊犁河流域的话，至少是进入了喀什噶尔（1399－1400年）。这支军队是由征服者的孙子米儿咱·伊斯堪答儿统率，进入喀什，掠夺了叶儿羌，夺取设防的阿克苏城，该城的居民为了自赎把居住在他们中的中国富商们交给占领军。接着，伊斯堪答儿派一支部队往西北方去掠夺拜城和库车，他本人率军进入于阗，在那里居民们呈献礼物欢迎他，并自称是帖木儿的臣民。最后他取道安集延经费尔干纳回到撒麻耳干。 |