光緒二十一年夏五月朔，臺灣人民自立為民主國，奉巡撫唐景崧為大總統。
初，朝鮮事起，沿海戒嚴。清廷以臺灣為海疆重地，命巡撫邵友濂籌防務。友濂，文吏也，不知兵。復以在籍太僕寺正卿林維源為會辦。維源，淡水人，家巨富。既又命福建水師提督楊岐珍、南澳鎮總兵劉永福為幫辦，各帶勇渡臺。二十年秋七月，永福率廣勇二營至臺南；八月，岐珍亦率十營入臺北；皆新募未練者。友濂檄提督張兆連統十三營駐基隆，基隆為臺北門戶，砲臺在焉；道員林朝棟統臺勇守獅球嶺，以固臺北之隘；提督李本清統七營駐滬尾，嗣以廖得勝代之；而臺南悉委永福調度。部署方定，友濂辭職去，以布政使唐景崧署巡撫。景崧亦文吏，無遠略。澎湖為臺之附庸，群島錯立，防守維艱，總兵周鎮邦率練勇八營駐防，復命候補知府朱上泮以四營協守，臺灣亦岌岌可危。
二十一年春正月，景崧奏曰：『臺灣戒嚴以來，增防設備、一切情形，業經前撫臣邵友濂奏明在案。維日人今雖鴟張北洋，而其志未嘗一日忘臺灣，時時游弋，測探海道。故臺灣防備無異臨敵。而臺南海上，霜降以後，波浪平靜；澎湖亦形勢俱重；恆春縣轄自大港口至鳳山枋寮百有餘里，前時日人曾盤踞半載，熟悉地理，漢奸尚有存者，而該處未設砲臺，且防營單薄，深恐敵兵乘虛上陸，故加意防禦。幫辦臺灣防務南澳鎮總兵官劉永福與臺灣鎮總兵官萬國本俱駐臺南府城，遙制恆春，誠恐鞭長莫及，故以萬國本專備安平旗後一帶沿岸，劉永福專備鳳山東港以至恆春。兩鎮臣相距僅百餘里，事機仍足互商。各勒部曲，以專責成。唯劉永福僅帶兩營，似不足以為布置，乃急派委員至廣東添募四營。而恆春東港現在防營，悉歸節制，以一事權。汰其疲弱，以濟新募之餉。此則南路續辦防務之情形也。夫爭臺灣者必爭澎湖，蓋以澎湖可泊兵船，以為根據。若我不能保澎湖，則臺灣陷於孤立，其勢難守。而澎湖之媽宮、西嶼，互相對峙，中隔海程二十里，最為扼要。現在練勇僅有八營，斷難兼顧。因派候補知府朱上泮帶勇四營並砲隊前往協防。又設水陸雷隊，分處要地。唯該處素乏米薪，一切糧餉、軍裝，必須及時儲備，妥為接濟；現已竭力運往，俾無缺用。此則澎湖續辦防務之情形也。臺中為南北之樞紐，民情本易動搖，從來分紮勇營，僅以彈壓地方；故以今日形勢而觀，必有堅整之兵，方足以扼守海口。茲將現在四營，汰弱補強，大加整頓。即調福建候補道員楊汝翼為統領，壁壘一新，以壯中權聲勢。此則中路續辦防務之情形也。然兵船既少，物力又艱，措置頗難；籌維兩月，方能就緒。而基隆、滬尾尤為臺北之門戶。臣與提臣楊岐珍每事會商，鼓舞士氣，固結人心，以整防務。伏思臺北港口紛岐，防營雖多，分布尚弱。又以財力有限，不能遠圖。砲臺未密，軍械未精，目前猝難增易，自應隨時隨力，妥為設備。唯勿惜有形之財，以糜無形之財，勿損平時之備，以勞臨時之備，此則微臣之所不敢出者也』。
二月十九日，日本聯合艦隊司令長官海軍中將伊東祐亨率兵艦七艘、運船五艘，破浪而來。陸軍大佐比志島義輝亦率步兵三千，自佐世保而南，至澎湖。二十七日早，以第一游擊隊突入猴角。拱北砲臺見之，發砲擊，傷兩艦。而日軍別以小艇上岸，遂占尖山，再進太武山。後隊繼至，遂踞焉。朱上泮聞警，率定海營兵五百進戰。至太武社，前隊奮登。日軍以砲禦，不能進。本隊復至，鏖戰數時，乃退。越日黎明，日軍攻大城山，別以一隊擊拱北砲臺。清軍退於媽宮城外。先是高千穗艦長海軍少佐丹治寬雄率陸戰隊二百四十名，攜機關砲三門，潛入龍門港，據拱北砲臺之南，以扼圓頂歸路。既敗清軍，乘勝攻城。城兵潰，及午而陷。二十九日，日軍以砲擊西嶼，都司劉忠良死焉。遂搜豬母水村，守備郭俊山等率所部降。上泮敗後，乘漁舟走臺南。景崧怒，欲斬之。
當是時，北洋清軍迭次敗績，詔以北洋大臣肅毅伯李鴻章為全權大臣，東渡議和，子經芳輔之。日廷以總理大臣伊藤博文、外務大臣陸奧宗光為全權，會於馬關春帆樓，提議六款。索割遼東、臺灣。鴻章爭之。談論數日，許之。告博文曰：『臺灣人民如不願從，授受之際，恐生事變，當與中國無涉』。對曰：『此我國之責也』。鴻章又曰：『臺民素稱難治，聚眾戕官，視為常事。今聞割臺之信，經已鼓噪，誓不易主』。曰：『貴國但將治權讓出，則治臺之事，我國任之』。鴻章曰：『臺灣官紳交涉事件紛繁，應於換約後六個月，方可授受』。博文以為遲，乃定兩月。而割臺之約成。三月二十三日，各簽草約。其第二款曰：『清國將臺灣全島及附屬各島嶼，又澎湖列島，即英國格林尼次東經百十九度起至百二十度止、及北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼，永遠讓與日本』。又第五款曰：『本約批准互換之後，限二年之內，日本准清國讓與地方人民願遷屆於外者，任便變賣所有產業，退去界外。但限滿之後尚未遷徙者，酌宜視為日本臣民』。
當是時，臺灣舉人會試在北京，聞耗，上書都察院，力爭不可。而臺灣紳民亦電奏曰：『割地議和，全臺震駭。自聞警以來，臺民慨輸餉械，固亦無負列聖深仁厚澤，二百餘年之養人心、正士氣，正為我皇上今日之用，何忍一朝棄之？全臺非澎湖之比，何至不能一戰？臣等桑梓之地，義與存亡，願與撫臣誓死守禦。若戰而不勝，待臣等死後，再言割地。皇上亦可上對列祖，下對兆民也』。不報。詔飭守土官撤回。景崧即電劉永福詢去就。復曰：『與臺存亡』。而獨立之議成。鎮、道、府、縣各納印去。提督楊岐珍亦率所部歸廈門。
先是，巡撫王之春聘俄，道次巴黎。南洋大臣張之洞命以臺灣質諸法，則法出有辭，未成。又欲以讓諸英，請主和局。密授其意於上海稅務司，轉商英領事，遂達英政府。駐英公使龔照瑗亦見外務大臣，告以故。外務大臣謝之曰：『此非本大臣之忘情於貴國也，亦非敝國之卻地以示廉也。貴國惘惘而贈之，敝國昧昧而受之，於英無利，於華有害，是以辭也』。故當俄、德、法阻割遼東之時，而英特居局外也。
初二日，紳士邱逢甲率人民等公上大總統之章。景崧受之，建元永清，旗用藍地黃虎。以兵部主事邱逢甲為義勇統領，禮部主事李秉瑞為軍務大臣，刑部主事俞明震為內務大臣，副將陳季同為外務大臣，道員姚文棟為遊說使，使詣北京，陳建國情形。設議院，集紳士為議員，眾舉林維源為議長，辭不就，餘亦不出，唯拔貢陳雲林、廩生洪文光、街董白其祥數人就職，以議軍國大事。於是布告全臺，照會各國領事，並為檄內外曰：『我臺灣隸大清版圖二百餘年。近改行省，風會大開，儼然雄峙東南矣。乃上年日本肇釁，遂至失和。朝廷保兵恤民，遣使行成。日本要索臺灣，竟有割臺之款。事出意外，聞信之日，紳民憤恨，哭聲震天。雖經唐撫帥電奏迭爭，並請代臺紳民兩次電奏，懇求改約，內外臣工，俱抱不平，爭者甚眾，無如勢難挽回。紳民復乞援於英國，英泥局外之例，置之不理。又求唐撫帥電奏，懇由總理各國事務衙門商請俄、法、德三大國併阻割臺，均無成議。嗚呼慘矣！查全臺前後山二千餘里，生靈千萬，打牲防番，家有火器。敢戰之士，一呼百萬，又有防軍四萬人。豈甘俯首事仇？今已無天可籲，無人肯援。臺民惟有自主，推擁賢者，權攝臺政。事平之後，當再請命中國，作何辦理。倘日本具有天良，不忍相強，臺民亦願顧全和局，與以利益。惟臺灣土地政令，非他人所能干預。設以干戈從事，臺民惟集萬眾禦之。願人人戰死而失臺，決不願拱手而讓臺。所望奇材異能，奮袂東渡，佐創世界，共立勛名。至於餉銀軍械，目前儘可支持，將來不能不借貸內地。不日即在上海、廣州及南洋一帶埠頭，開設公司，訂立章程，廣籌集款。臺民不幸至此，義憤之倫，諒必慨為佽助，洩敷天之恨，救孤島之危』。並再布告海外各國：『如肯認臺灣自立，公同衛助，所有臺灣金礦、煤礦以及可墾田可建屋之地，一概租與開闢，均沾利益。考公法：讓地為紳士不允，其約遂廢；海邦有案可援。如各國仗義公斷，能以臺灣歸還中國，臺民亦願以臺灣所有利益報之。臺民皆籍閩、粵，凡閩、粵人在外洋者，均望垂念鄉誼，富者挾貲渡臺，臺能庇之，絕不欺凌；貧者歇業渡臺，既可謀生，兼同洩憤。此非臺民無理倔強，實因未戰而割全省，為中外千古未有之奇變。臺民欲盡棄其田里，則內渡後無家可依；欲隱忍偷生，實無顏以對天下。因此槌胸泣血，萬眾一心，誓同死守。倘中國豪傑及海外各國能哀憐之，慨然相助，此則全臺百萬生靈所痛哭待命者也。特此布告中外知之』。
當是時，全臺之兵，土、客、新、舊為數三百數十營，每營三百六十人。景崧既駐臺北，以逢甲率所部戍附近，備策應。提督張兆連駐基隆，總兵陳永隆駐滬尾，道員林朝棟率棟軍駐臺中，幫辦防務總兵劉永福駐臺南。別設團練、籌防兩局，以紳士理之。以同知黎景嵩為臺灣知府，俞鴻為臺北知府，溫培華為埔里社通判，史濟道知臺灣縣，羅樹勛知彰化，羅汝澤知雲林，李烇知苗栗，凌汝曾知淡水，王國瑞知新竹，盧自鑅知鳳山，孫育萬知嘉義，歐陽萱知恆春。又以代理安平知縣忠滿兼護府道之印。惟臺東直隸州胡傳、南雅同知宋維釗仍舊，餘悉先去矣。全臺歲入正雜各項，計銀三百七十餘萬兩，而藩庫尚存六十餘萬兩。然自軍興以來，糈餉浩大，旋奉部撥五十萬兩，南洋大臣張之洞奏請續撥壹百萬兩，劃交駐滬援臺轉運局，以資接濟。猶恐不足用，林維源首捐一百萬兩，息借民間公款二十萬兩。而富商巨室傾資助軍者，為數亦多。蒼頭特起，各備餉械。於是花翎侍衛許肇清起於鹿港，附生吳湯興起於苗栗，徐驤、姜紹祖起於新竹，簡精華起於雲林，所部或千人，或數百人，皆鄉里子弟愍不畏死者。而粵人吳國華、龐大斌各致其黨，分乘小艇入援。部署甫定，而日軍至矣。
煙臺換約之後，日廷以海軍大將樺山資紀為臺灣總督。而清廷亦以李經芳為委員，至臺授受。聞獨立，不敢登。是日會於基隆舟次，立約二條：一曰：『臺灣全島及澎湖列島各通商口岸並在府、廳、縣之城壘、軍庫及官業，概讓日本；二曰：臺灣至福建之海底電線，他日兩國政府別行商議管理。而臺灣劃歸矣。當是時日廷以近衛師團長能久親王率師伐臺，次中城灣。以少將東鄉平八郎為海軍司令官，大佐福島安正為陸軍參謀，率浪速、高千穗兩艦赴淡水，就英艦詢臺事。砲臺擊之，乃駛去，游弋基隆。初六日，攻金包里，以綴臺軍。而第一旅團長川村景明潛由鼎底澳上陸。總兵曾喜照戍此，未戰而潰。初七日，越三貂嶺。景崧聞警，命吳國華率粵勇七百趣援。初八日，亭午，遇於瑞芳，接戰小勝。景崧復命胡連勝、陳柱波、包幹臣各率軍助戰。諸弁不和，退走基隆，而日軍又進矣。基隆為山海險要，砲臺在焉。提督張兆連率四營、通判孫道義領二營輔之。日軍以度嶺之艱，持糧步行。初九夜至基隆，兩軍互戰，各死傷。國華不能支，拔隊退。兆連冒雨至，黎明吹角，列陣再戰。而日艦松島、千代田、浪速、高千穗開砲擊岸上，兆連被困，親兵死傷略盡。陳得勝、曾喜照陷陣救之。得勝戰死，喜照亦殊傷，砲臺遂陷。
十三日，日軍以一大隊迫獅球嶺。臺人請景崧駐八堵，為死守計，不從。營官李文魁馳入撫署，大呼曰：『獅球嶺亡在旦夕，非大帥督戰，諸將不用命』。景崧見其來，悚然立，舉案上令架擲地曰：『軍令俱在，好自為之』。文魁側其首以拾，則景崧已不見矣。景崧既入，攜巡撫印奔滬尾，乘德商輪船逃。將出口，砲臺開砲擊之；適德兵艦泊附近，以其擊己船也，亦開砲擊。當是時潰兵四出，劫藩庫，焚撫署，土匪亦乘發，鬥死者五百餘人，哭聲滿巷。如是兩晝夜。林維源、林朝棟、邱逢甲相率去。艋舺紳士李秉鈞、吳聯元、陳舜臣等議彈壓，而無力可制。往商大稻埕李春生，請赴日軍求鎮撫，無敢往者。鹿港辜顯榮在臺北，見事急，自赴基隆，謁總督，請定亂。許之，日兵遂進。十四日夜半至城外，城兵猶守戰。黎明乃陷。十五日，川村景明入臺北，以騎兵略淡水。十八日，能久親王至。二十一日，總督樺山資紀亦至，遂開府於此，以理軍民之政。
臺南既聞臺北之報，議奉永福為大總統。不從。請移駐郡治，強之乃許。設議院於府學，以舉人許獻琛為議長，廩生謝鵬翀、陳鳳昌等為議員。郎中陳鳴鏘為籌防局長。士民上書論戰者項背相望，乃議防守之策。以知州劉成良統福軍駐旗後砲臺，提督陳羅統翊安軍備四草湖，中軍游擊李英統鎮海軍備白沙墩，周明標、張占魁兩營駐喜樹莊，都司柯壬癸統格林砲隊，合鄭超英、周得啟、孔憲盈各軍防安平；是為海口之防。以副將袁錫中統鎮海後軍駐卑南，參將吳世添統練軍駐郡城；是為內地之防。其勇營則總兵譚少宗之福字前軍、總兵李維義之新楚軍、副將楊泗洪之鎮海中軍、副將吳光忠之忠字防軍、都司蕭三發之福軍前敵、都司邱啟標之臺南防軍、守備王德標之七星旗隊、知縣忠滿之忠靖營、知縣劉光明之左右軍，其義民則進士許南英之臺南團練、吳湯興之新竹義軍、林得謙之十八堡義軍。於時土匪頗發，輒招撫之。各鄉均辦保甲，沿海亦練漁團，助守望。
日軍既得臺北，狥屬邑。以一軍取宜蘭，一軍攻新竹。二十日，陷南雅，余得勝率隘勇降。夜半，義軍猝至，伏險以擊，坊城隊退據娘仔坑，而圍之愈急，彈盡糧罄，死者過半，得援始免。其取宜蘭者，以二十一日至頭圍，二十九日入縣治。
閏月朔，日軍至鳳山溪，義軍要擊之。戰至暮，新竹遂陷。大小凡二十餘戰，北埔富民姜紹祖死焉。
初三日薄暮，日艦二艘窺安平，傍英、德兵船停泊。砲臺擊之，乃北去。
十二日，樺山資紀介英人移書永福解兵。書曰：『自從客歲搆兵以來，我軍疊戰疊勝。貴國簡使議和，訂約數款，臺灣及澎湖列島皆為貴國所割讓。授受之後，本總督開府臺北，撫綏民庶，整理庶務，凡百就緒。邇聞閣下尚踞臺南，慢弄兵戈。適會全局莫定之運，獨以無援之孤軍，防守邊陬之危城，大勢之不可為，不待智者而知矣。閣下雄才大略，精通公法，然而背戾大清國皇帝之聖旨，徒學愚頑之所為，竊為閣下不取也。閣下若解廷諭，速戢兵戈，俾民樂業，當以將禮送歸，麾下士卒亦應宥遇。現在臺北等處，收容降敗殘兵，付船送還原籍者，計有八千人。本總督素聞聲名，不嫌直告。順逆之理，維閣下審計之』。永福得書不從，復曰：『中日兩國同隸亞洲之土，講信修睦，載在盟府。不意貴國棄好尋仇，侵我疆域。中國宿將雄師，亦昭忠義，而兵機有失者，李鴻章之誤爾。自古興國之人，必先施仁布澤，而後可以得民心，而後可以感天意。刻下臺北時疫大作，貴國兵隊病故者多。民情不附，天災流行，已可概見。而閣下猶不及時省悟，余甚惑之。余奉命駐守臺灣，義當與臺存亡。來書謂余背戾聖旨，又何見理不明也。夫將在外君命有所不受，況臺南百姓遮道攀轅，涕泣請命。余既不敢忘「效死勿去」之語，又何忍視黎庶沈淪之慘？爰整甲兵，以保疆土。臺南雖屬邊陬，然部下數十營，皆經戰敢死之士；兼之義民數萬，糧餉既足，軍械亦精。竊以天之不亡臺灣，雖婦孺亦知之。閣下總督全師，為國大將，雄才卓識，超邁尋常，何不上體天心，下揆民意，撤回軍旅，歸我臺北。不唯臺灣百姓感戴不忘，而閣下大義昭然千古矣』！資紀知不可說，遂進兵。
初，吳湯興起兵苗栗。因餉事，與知縣李烇齟齬，飛電告急，彼此各執一辭。永福惶惑，令幕僚吳彭年率七星旗兵七百往，李維義副之。至彰化，臺灣府知府黎景嵩請以維義援頭份，彭年亦趣赴苗栗。六月二十日，日軍攻頭份，新楚軍副將楊紫雲戰歿，維義敗回。日軍攻苗栗，前敵諸軍請濟師，永福苦無以應。初，臺南獨立之時，道庫僅存銀七萬餘兩，府庫亦六萬餘兩，乃設官票局，權發鈔票，以莊明德理之。一時市上流衍，南北洋大臣各派員視師，謀接濟，且有俄人願任保護之語。四川舉人張羅澄寓書永福，請力守，將借韓藩外兵以援。然迫於盟約不成，而餉匱械絀，唯閩、粵總督各貽舊槍一二千桿、彈藥數萬粒而已。稅務司麥嘉林請設郵政局，未旬日而徵銀五千餘兩。二十日，責議院籌餉，咸束手無策。而前敵乞援急，乃搜括八千兩與之。再令幕僚羅綺章渡廈，籲援各省，辭甚哀痛。
二十八日，日艦三艦窺臺南。嚮午，一艦近安平，開兩砲而去。七月朔，復窺枋寮，已而至布袋嘴，以斥候上陸，詰永福所在。總兵譚少宗戍此，未敢戰。旬日以來，游弋臺南，沿海戒備。蓋欲以牽制永福而力撲大甲溪也。先是彭年援苗，急就地召募，未成。二十日，日軍破苗栗，李烇奔梧棲港，走福州。維義敗回，猝率所部拒戰，吳湯興、徐驤助之，稍勝。初四日，日軍以山根支隊進攻，大隊繼之。管帶袁錦清、林鴻貴皆戰死，吳、徐退守府治。彭年駐兵牛罵頭，將扼大甲溪，而募勇夜譁，撤回彰化，電告永福濟師。彰化為中路重邑，舉人施菼、貢生吳德功設籌防局，謀戰事。永福檄安平知縣忠滿援之，滿不可。遣人說永福出戰，而己居守。永福怒，以鄭文海知縣事。乃率四營往，逗留不進。吳湯興所部索餉，環府門而譁。知府黎景嵩不能制，請彭年兼統之，再電濟師。永福疑其規避，不聽。而日軍已迫大肚溪矣。城僚議棄城，彭年止之，再電聞。令曰：『兵來禦之，死守無恐』。乃移駐城外。次日，遇日軍結筏渡溪，徐驤拒之，伏叢莽中狙擊。日軍將濟，而李邦華亦率鄉勇數千至。然日軍野砲甚厲，死者千餘人。吳湯興、沈仲安來援，截日軍為二，擊退之。次日，再戰於李厝莊，小勝。將奪大甲，而諜報葫蘆墩危，提督陳尚志戰死。彭年調彰化知縣羅樹勛援之，會於頭家厝莊。莊豪林大春、賴寬預設國姓會，連絡數十社，率子弟千人助戰，相持一日夜，終不敵。初五日，府城陷，樹勛收兵回。而日軍亦繞過北投，分兩隊，以川村為左翼，山根為右翼，進攻彰化。彰城小如斗，八卦山在其東，俯瞰城中，山破即城亦破，故建壘其上。晚，旱雷兵二百自南至，欲布雷於溪畔，而旱雷自海運鹿港，緩且不及。翌日，彭年誓師，以王得標率七星旗兵三百守中寮，劉得勝率先鋒營守中莊，孔憲盈守茄苳腳，李士炳、沈福山各率所部守八卦山。初九日黎明，日軍以一中隊涉溪，迫黑旗營；又以一中隊擊其背。彭年開壁出，而別隊已直搗八卦山。吳湯興、徐驤拒戰，力竭彈罄，湯興死焉。彭年回軍救，率眾奪山，中彈死，李士炳、沈福山、湯人貴皆歿，死者幾五百人。景嵩、樹勛各微服逃，日軍入城。
初十日，日軍陷雲林，進據大莆林。別以一軍略埔里社，鋒銳甚。永福赴曾文溪籌防。黃榮邦、林義成、簡成功及子精華均受撫，願效死。十一日，副將楊泗洪率鎮海中軍及格林砲隊取大莆林，義成、精華各以所部數千助戰。日軍北，泗洪追之，中砲死。管帶朱乃昌力戰，奪屍歸，反身再鬥。而日軍山砲隊至，聲震山谷。臺軍伏蔗林中以戰，左右奮擊。日軍退。乃昌麾兵逕取大莆林。遙見火光燭天，聲喧甚，詢之，則榮邦、義成來援也。乘勢入大莆林，殺傷過當；乃昌亦血戰死。永福令都司蕭三發率福軍前敵代泗洪，以銀三千兩犒軍。十三日，檄成功統義軍。守備王得標、嘉義知縣孫育萬會師，與精華之兵合克雲林。日軍入山，遇覆殲焉。又敗之於蘆竹塘。十六日，三發趣諸軍取彰化，自辰戰至日中，阻於日砲不能進，據險以守。當是時軍聲頗起，中、北各路約期俱舉，而臺南餉械已絕。永福又命吳桐林渡廈乞助，遍走沿海，無一應者。二十五日，精華、榮邦連戰俱捷，獻馘請餉。八月初二日，再電請，語悲痛，僅括千五百兩以濟之。附近莊民多椎牛食軍，故不餒。方彰化之陷，徐驤率二十人走後山，間道至南。永福慰之，令入卑南募悍卒，得七百人，皆矯健有力者，馳赴前敵。彰化諸軍攻圍久，彈藥將罄。初六日，榮邦誓師決戰，中戰死。初七日，義成再攻城，亦殊傷。十三日，日軍大舉猛撲三發之營，徐驤、精華援之，相戰數日，驤死，諸皆受傷莫能起，雲林復陷。永福歎曰：『內地諸公誤我，我誤臺人』！
十九日，日軍攻嘉義。王德標初營郊外，至是走入城。日軍駐營，夜半地雷發，轟死者七百餘人。翌日，以砲攻城，陷東門。總兵柏正材、營官陳開檍、同知馮練芳、武舉劉步陞、生員楊文豹等皆死，德標隨精華奔後山。二十一日，略鹽水港，別以一軍由海道至布袋嘴。譚少宗之兵與戰，敗。至鐵線橋，沿途莊民持械拒戰，相持數日，生員林崑岡死焉。殺傷大當，以故不能越曾文溪而南。二十三日黎明，日軍登枋寮，入恆春，遂略東港，以取鳳山。
當嘉義之陷，永福知事不可為。二十一日，介英領事歐思納致書樺山資紀求成。於時日艦大集澎湖，歐思納乘英艦披古至，副總督高島鞆之助見之。書曰：『查本年四月間，兩軍戰事已畢，海宇共慶昇平。惟和約中有臺灣全島割讓貴國一節，臺民以久隸大清國版圖，世受皇恩，不願反顏東向。是時我國遣官到臺，密行慰諭，而民心匪石可轉，公舉本總兵為兼辦臺事大臣。本總兵以未奉明諭，無奈徇其所請，即以力保臺民為己任，然非有自私自利於其間也。及見臺民自遘戰禍以來，其苦反難言諭。為此咨請貴督，願以全島相交。惟尚有二事相求者：貴部兵既至臺南，不論何等民人宜悉優待，而不加以懲罰，一也；本總兵部下弁兵急須內渡，乞速撥船安送回陸，不論閩、浙、粵東，或南洋大臣處，皆隨尊意，二也。此二者度貴督亦必視為要圖，故敢以為請。如別無指駁，即當迅備交臺事宜，立候咨復』。鞆之助復書拒絕。二十四日，永福又委弁至披古，求見英、荷兩領事，邀往吉野。兩領事卻之，以永福不至，雖往無益也。是日吉野至安平，以書與永福，約明日辰刻，至艦議款，否則開戰。兩領事亦力勸，終不敢行。而日軍已海陸併進矣。二十六日，日艦七、運船二攻旗後砲臺，守將劉成良，永福義子也，互擊兩時許，臺陷，逃歸臺南。永福怒，欲斬之。翌日入鳳山，二十八日略舊城，以騎兵迫臺南。鄭青拒之於二層行溪，郡中大震，爭舟走廈門。
九月朔，永福議退於關帝廟莊，據山以守，而警報疊至，倉猝未能行。初二日過午，有武弁自安平馳馬入，大呼援兵至，郡人欣然有喜色。入夜，永福率親兵數人視安平砲臺，遂乘英船爹利士以去。翌日，陳修五、吳道源介英牧師宋忠堅至第二師團前哨，請鎮撫。初四日辰刻，日軍入城，海軍亦至安平，遺兵二十餘人被殺，而臺灣民主國亡。